《第二军医大学学报》创刊于1980年，为全国性医药卫生类综合性学术期刊，中国科技论文统计源期刊和自然科学核心期刊。月刊，国内外公开发行。《第二军医大学学报》坚持贯彻党的基本路线，积极宣传党、国家和军队的卫生工作方针，贯彻国家有关科技出版的方针、政策和法令，贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针，发扬学术民主，为促进科学事业繁荣、国防现代化和国家经济建设服务。《第二军医大学学报》依托我校雄厚的医疗、教学、科研力量，主要报道我校教学、医疗和科研的新成果、新经验、新技术、新方法和新动态，对全军、全国范围内的创新科技成果也予以及时报道。对促进学术交流，加强人才培养，提高科技水平，推动我军和我国医学科学事业的发展作出了积极的贡献。本刊辟有：院士论坛、专家论坛、专题报道、论著、研究快报、研究简报、综述、临床病理（病例）讨论、实验研究、临床研究、个案报告、短篇报道、争鸣园地，学术讲座、学术动态、医学新闻、成果荟萃等栏目，面向全国高等医药院校及医药卫生系统的科研、医疗单位和海外作者诚挚征集优秀论文。《第二军医大学学报》多次被确认为中国基础医学类核心期刊、综合性医药卫生类核心期刊等。1989年以来，曾多次获上海市、全军及全国高校优秀医学科技期刊一、二等奖。2002年荣获“第二届国家期刊奖百种重点期刊”。本刊现被美国《化学文摘》和俄罗斯《文摘杂志》等20种数据库或文摘类刊物收录，具有较高知名度。