微阵列平台显示出高性能和成本效益

用经过改造的DNA靶体对嵌合微阵列平台进行的客观比较显示出它们的高性能和成本效益。

北卡罗来纳大学（Chapel Hill, NC, USA; www.unc.edu）、Dana-Farber癌症研究所（Boston, MA, USA; www.dana-farber.org）及斯坦福大学(Stanford, CA, USA; www.stanford.edu)的DNA元件百科全书（ENCODE; Bethesda, MD, USA; www.genome.gov/10005107）的成员组织的研究，评估了来自安捷伦 (Santa Clara, CA, USA; www.agilent.com)、 Affymetrix (Santa Clara, CA, USA; www.affymetrix.com)和 Nimblegen (Madison, WI, USA; www.nimblegen.com)的DNA微阵列，有七家独立的实验室在使用这些设备。

本研究中spike-in DNA组分的设计是为了模拟染色质免疫沉淀作用(ChIP)或宽动态范围拷贝数扩增实验。为了确保评价公正，spike-inDNA的组分并未透露给参加者。这使得从数量上无偏倚地评价每台检测和量化预定义标准的灵敏度和特异性成为可能。

平台以它们最高可能的嵌合密度进行比较。以可比较的算法评估结果时，安捷伦始终能达到最高分或相当的分数，而且，与其它任何一个平台相比，安捷伦做到这些只需较少的探针、半数的重复次数和少量的样本DNA。

研究发现，较长的寡聚核苷酸(60-nt)本文关键字: 微阵列平台 高性能 成本效益